伊斯蘭教，舊稱回教。元代時傳入松江。無至正年間（1341年～1368年），上海建第一座清真寺松江清真寺，是為我國目前保存較完整的伊斯蘭方建筑之一， 1987年12月修復原貌，對外開放。它似一只純潔美麗的白鶴仁立在“云間”松江城內，迎接各地前來朝拜的穆斯林。伊斯蘭教曾因元亡而在上海衰微。直至清嘉慶二十五年（1820年），由南京再次傳人才逐漸有所發展。上海開埠后，來滬居住和經商的中外穆斯林日益增多，伊斯蘭教也隨之在上海興盛起來。上海城區內最早的清真寺位于城南草鞋灣，咸丰年間建，光緒年間重建，稱“南寺”。同治八年（1869年）又建清真北寺（令福佑路）。同治間，另有外國籍伊斯蘭教徒所建的清真寺，稱“外國寺”，故址位于今浙江中路、漢口路、廣東路之間。1917年，上海清真寺董事會董事金子云將其一座花園住宅捐作清真西寺﹔1925年重修，取名為“小桃園清真寺”。這是一座具有西歐伊斯蘭建筑風格的清真寺，它在1919年到1945年間是中國穆斯林朝聖者海路赴麥加朝聖的集敬地。寺內曾興辦過經堂教育和伊斯蘭文經學班，是近代傳播伊斯蘭文化、進行中外文化交流的場所之一，現為上海市伊斯蘭教協會所在地。在興建清真寺的同時，也設立了清真別墅和公墓。隨著穆斯林的增加和清真寺的興建，伊斯蘭學校也應運而生。1908年，建回民學校﹔1911年擴建，稱“上海公立清真務本兩等小學堂”。1928年，創辦伊斯蘭師范學校， 1929年改為伊斯蘭教學研究社。伊斯蘭教知名人士、今中國阿拉伯語學者、北京大學教授馬堅先生，就是該校的首屆畢業生。他曾于1931年被中國回教學會選送至埃及開羅愛資哈爾等學校深造。1950年北京大學出版社出版了他翻譯的白話文《古蘭經》。1925年，哈德成、馬剛候等發起成立了上海最大的伊斯蘭團體中國回教學會，主要從事《古蘭經》翻譯，出版過《中國回教學會月刊》，《中國回教公旬刊》等刊物及馬復初《寶命真經》五卷直譯本。近代上海伊斯蘭教在全國處于比較重要的地位。目前上海有伊斯蘭清真寺五座，參加伊斯蘭教開齋節和宰牲節的穆斯林有四千多人。